導(dǎo)航欄
要判斷自己的PCR儀器是否正常,可從以下幾方面考慮:1. 儀器開(kāi)關(guān)機(jī),與軟件連接是否正常。2. 儀器運(yùn)行同樣的實(shí)驗(yàn)所需要的時(shí)間是否跟平時(shí)一致,由此判斷儀器的加熱制冷模塊是否正常。3. 曲線結(jié)果是否呈明顯的S型,若曲線異常,如呈曲折上升狀,則可能是熱蓋問(wèn)題,或者是熒光檢測(cè)裝置出現(xiàn)問(wèn)題。4. 若曲線的熒光值與平時(shí)相比,明顯降低,則要考慮是否需要更換儀器光源(尤其是鹵素?zé)簦涔庠磯勖s2000h)。5. 若儀器某一孔或幾孔的熒光值明顯高于其他孔位,則需要考慮儀器的孔槽或檢測(cè)光路是否受到熒光污染,建議清洗儀器孔槽后再進(jìn)行測(cè)試。
1)為了保證檢測(cè)質(zhì)量,臨床PCR實(shí)驗(yàn)室應(yīng)有充分合理的空間,良好的照明和空調(diào)設(shè)備。工作環(huán)境雖不是檢測(cè)質(zhì)量的直接原因,但寬敞舒適的實(shí)驗(yàn)室環(huán)境將肯定有利于檢驗(yàn)質(zhì)量的保證。
2)合理有效地對(duì)儀器設(shè)備進(jìn)行管理,定期做維護(hù)和校準(zhǔn),使其處于一個(gè)良好的狀態(tài)。例如,定期校準(zhǔn)移液器,使其保持足夠的準(zhǔn)確度和精密度。定期維護(hù)熒光定量PCR儀的光學(xué)系統(tǒng)和反應(yīng)孔間溫度差異,使其保持在良好狀態(tài)和允許的范圍內(nèi)。此外,還包括天平,離心機(jī),冰箱等設(shè)備的管理。
3)理想的試劑:主要有內(nèi)外兩個(gè)因素,內(nèi)在因素包括標(biāo)本處理方法,用于核酸擴(kuò)增的原材料及方法學(xué)設(shè)計(jì)等。外出因素包括試劑盒的運(yùn)輸和保存中的問(wèn)題。
4)標(biāo)準(zhǔn)化操作流程:完整的臨床PCR程序由標(biāo)本采集,運(yùn)送,保存,編號(hào),試劑準(zhǔn)備,核酸提取,擴(kuò)增和產(chǎn)物檢測(cè),結(jié)果分析和報(bào)告等諸多環(huán)節(jié),建立科學(xué)和與本實(shí)驗(yàn)室配套的SOP文件,嚴(yán)格按SOP進(jìn)行操作。
5)主要污染源和防污染措施:PCR的主要污染源有標(biāo)本中的大量待測(cè)微生物,克隆質(zhì)粒,大量存在實(shí)驗(yàn)室中的特定微生物以及以前擴(kuò)增產(chǎn)物的殘留污染等。這些都是實(shí)驗(yàn)室最容易造成假陽(yáng)性的污染。因此,必須嚴(yán)格分區(qū)實(shí)驗(yàn)室及遵守工作流程,使用化學(xué)清潔實(shí)驗(yàn)臺(tái)面,使用紫外線照射和UNG方法消除擴(kuò)增產(chǎn)物污染等等。
6)進(jìn)行室內(nèi)和室間質(zhì)量控制,室內(nèi)質(zhì)量控制可以確保實(shí)驗(yàn)室室內(nèi)測(cè)定質(zhì)量的一致性,室間質(zhì)量控制可以提供將實(shí)驗(yàn)室測(cè)定情況與一室間和客觀標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行回顧性比較的數(shù)據(jù)。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR擴(kuò)增曲線包括基線期,指數(shù)擴(kuò)增期,線性擴(kuò)增期和擴(kuò)增平臺(tái)期,標(biāo)準(zhǔn)的曲線應(yīng)該呈典型的S型。不規(guī)則曲線可以根據(jù)曲線的具體情況來(lái)分析:1)曲線呈斜線上升原因:熱蓋失靈或熱蓋沒(méi)蓋緊,導(dǎo)致控溫不準(zhǔn)、液體揮發(fā)。解決辦法:更換儀器熱蓋或?qū)嵘w蓋緊。圖1 曲線呈斜線上升2)擴(kuò)增曲線分成兩段(斷裂)圖2擴(kuò)增曲線分成兩段(斷裂)原因:基線的終點(diǎn)大于Ct值,通常是因?yàn)槟0錎NA濃度偏高,CT值< 15,而基線仍然取3-15,其中包含部分?jǐn)U增信號(hào),導(dǎo)致曲線被壓下去。解決方法:減小基線終點(diǎn),至Ct值前4個(gè)循環(huán),重新分析數(shù)據(jù)。3)直線擴(kuò)增曲線圖3 某些樣本出現(xiàn)直線擴(kuò)增曲線原因:探針部分降解解決辦法:建議更換試劑進(jìn)行測(cè)試。4)曲線平臺(tái)期下掉原因:蓋子沒(méi)蓋緊解決辦法:PCR反應(yīng)管蓋子蓋上后,檢查蓋子是否蓋緊。圖4 曲線平臺(tái)期下掉