1、儀器使用的廣泛程度  

如果不是一個新出現的儀器品牌，為保證所購置的儀器有充分的可靠性，臨床PCR實驗室可以從相應儀器在國內外使用的廣泛程度來判斷。應用越是廣泛的儀器，越是經過實踐驗證的，也就越具有可靠性。

2、儀器的檢測通量（反應孔數）  

在購買定量PCR儀的時候需要根據實驗室的要求來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR儀的檢測通量小到16多到384孔，實驗室可以根據自己的檢測項目和發展狀況，選擇合適的儀器，沒必要追求最昂貴的儀器，一般來說，96孔的通量足夠用了；如需尋找新藥靶點和疾病標記等類型的實驗，則可以考慮購買384孔的儀器。

3、儀器的通道數量  

隨著醫院開展的項目越來越多，比如基因表達，單核苷酸多態性分析、高分辨率熔解曲線等，那么單通道的儀器則無法滿足實驗室的需求了，而多通道的設計則能使其更方便地檢測多重PCR檢測及其衍生的基因表達等其他分析模式。

4、耗材的開放性  

耗材如擴增反應管的開放性可能會決定日常檢測成本的高低。作為臨床PCR實驗室，在選擇實時熒光PCR儀時，可考慮這一點。不過對于檢測HCV等RNA項目的時候，盡量使用去RNAnase酶耗材。

5、硬件設計特點  

熒光定量PCR儀主要有96孔板式和離心式等，每種設計都有它的獨到之處，但也都有無法避免的缺陷。  

96孔板的熒光定量PCR儀可以容納的樣本量大，最大可至100ul，而且無需特殊的耗材。傳統的96孔板儀器多采用鹵鎢燈激發、CCD檢測。其優點在于：鹵鎢燈的光強比LED燈強，波長范圍廣，對于熒光染料的激發具有非常好的效果，性能比較穩定，使用壽命約3000個小時左右；但CCD的檢測通常會因為每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同，會產生邊緣效應，對結果產生一定的影響。為了保證精確、精準的實驗結果，這類儀器在實驗過程中通常需要配合ROX校正染料，來平衡孔間差異；離心式的儀器通常選用LED激發、PMT檢測，設計上避免了邊緣效應，同時PMT檢測對熒光信號可以放大或縮小，相對于CCD檢測更加靈活，靈敏度更高；但LED的熒光強度比較弱，波長范圍也比較窄，因此，對熒光染料的激發效果不如鹵鎢燈；

6、運行速度  

在熒光定量PCR儀的眾多技術參數中，升降溫速度也是非常重要的。更快的升降溫，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合和反應時間，提高PCR的特異性。但是，運行速度越快，對加熱制冷模塊的要求越高，因此，穩定性是其存在的最大問題，如果在市面上經過長期考證的，穩定性好的儀器，運行速度越快，帶來的便捷越多；

7、靈活性  

在儀器基本性能得到保證的情況下，另外一方面則需要考慮儀器的靈活性，主要包括：儀器運輸的靈活性，拆卸的靈活性，軟件升級的靈活性，模塊更換的靈活性以及使用的靈活性等。